上海市肿瘤研究所（以下简称"肿瘤所"）成立于1958年，属上海市卫生和计划生育委员会领导的独立研究机构。1980年经世界卫生组织（WHO）确认为世界卫生组织癌症预防与控制合作中心。1985年经国家计委批准建立癌基因及相关基因国家重点实验室。1996年由国家科委与上海市科委共建基因治疗研究中试上海基地。2003年经教育部批准，由上海市卫生和计划生育委员会与上海交通大学共建上海交通大学肿瘤研究所。2010年上海市卫生和计划生育委员会与上海交通大学医学院共建肿瘤所、仁济医院与肿瘤所院所合一。2019年整建制由上海市卫健委转隶至市教委。2023年通过科技部重组，成立“肿瘤系统医学全国重点实验室”。

肿瘤所拥有三个园区，实验场地面积共26820平方米，其中徐汇园区（斜土路2200弄25号）7820平方米，浦东园区（东方路1630号科研楼）16000平方米，闵行园区（上海交大文选楼）3000平方米。肿瘤所目前有26个PI研究团队，同时设有科研公共服务平台、《肿瘤》杂志编辑部等科研辅助部门。截止2023年底，共有职工173人，其中具有研究生以上学历143人，占全所员工的82.7%（其中博士108人、硕士35人）。共有高级职称48人（正高20人、副高28人）。招生专业为肿瘤学、生物化学与分子生物学、病原生物学等。近五年，肿瘤所获国家和上海市各级人才计划共40人次，包括上海科技青年35人引领计划、上海高校特聘教授东方学者、上海市千人计划、上海市优秀学科/学术带头人、上海市人才发展资金、上海市浦江人才、上海市东方英才计划青年项目、上海市启明星计划、上海市扬帆计划等。现有上海交通大学医学院研究生导师40人。

肿瘤所近五年共承担各类项目190项，总经费近亿元。发表科研论文300篇，其中2023年发表论文55篇，均篇影响因子14.91，多篇论文被Nature、Gastroenterology、Cancer Cell、Gut、Nature Cancer、Hepatology、Nature Metabolism、Molecular Cell等国际高水平期刊收录。荣获各类科技奖励，包括国家自然科学奖二等奖、上海市科技进步奖一等奖、高等学校科学研究优秀成果奖自然科学一等奖、上海市科技奖自然科学奖二等奖、上海医学科技奖二等奖、上海市抗癌科技奖二等奖等。

肿瘤所研究方向为开展恶性肿瘤的流行病学与病因学研究，肿瘤发病机理及基因诊断和基因治疗、细胞及免疫学诊断和治疗等生物高科技研究，探索肿瘤防治的新途径。肿瘤所在“十四五”期间，牢牢围绕国家肿瘤防治的重大战略规划，聚焦肿瘤的流行病学、分子细胞生物学、免疫学和转化医学等相关学科开展基础和应用研究，打造国家肿瘤防治高质量发展的创新高地，为提升我国肿瘤防治科技水平提供创新策源力。