仁济医院呼吸科创立于1954年，是博士学位授予点、国家PCCM规范建设三级医院优秀单位、上海市首批呼吸专科医师培训单位、上海交通大学慢性气道疾病诊治中心等。呼吸科在仁济南院、东院、西院皆有建制，目前拥有气管镜诊疗中心、间质性肺病诊治中心、肺部生理诊断中心等，临床工作涉及呼吸系病各个领域。

  目前呼吸科南院住院床位45张，拥有医生23名，其中高级职称 10名，中级职称10 名,临床工作范围遍布仁济南、东、西和各医联体单位，每年门诊15万例左右，呼吸内镜诊疗操作1200例左右，医疗诊治能力、学科人才培养和学术水平总体处于国内先进水平。近五年来，科室成员每年主持多项国家级或上海市级课题研究，在中华医学会呼吸分会、欧洲呼吸病学会肺间质病学组、美国胸科学院、上海市医学会呼吸分会各亚专科学组担任职务。呼吸科作为内科核心科室，在间质性肺病、肺癌及介入性内镜诊疗等方面工作突出，参与多项国际多中心抗纤维化新药临床研究。气管镜诊疗中心各项设备齐全，可开展多种三四级支气管镜操作技术如EBUS-TBNA、TBLC、小探头、高频电刀烧灼、球囊扩张、支架置入等。在抗击新冠肺炎疫情中，呼吸科作为“主力军”科室，承担了大量的门诊筛查诊治工作，并派出多名医护人员支援外省抗疫，彰显了仁济呼吸人的大无畏精神。在去年的新冠肺炎疫情中，呼吸科医护团队冲在了救治患者的最前面，承担了三个病区的新冠肺炎患者救治工作，极大缓解了医院的急诊压力。

  呼吸科专科每月住培人数在10-15人左右，还承担医学院的本科、八年制、渥太华医学院等的理论课、PBL、CBL课程的授课工作及教材的编写工作等，多名医生获得院级优秀教师、优秀住培秘书、教师、主任，交大教书育人奖、交大校长奖等荣誉。呼吸科长期致力于呼吸系统疑难疾病及危重症的诊治，在间质性肺炎、肺癌、重症肺炎、慢性阻塞性肺疾病等方面进行了系统的学术研究并发表重要学术成果。