1844年，仁济医院建院即开展眼科工作。目前，仁济眼科是上海交通大学医学院眼科学博士点、上海-渥太华联合医学院眼科专业点、中法外科学院眼科专业点、国家药物临床试验机构眼科专业点、上海市住院医师规范化培训眼科基地、上海市专科医师规范化培训眼科基地。

仁济眼科在东院（浦东新区浦建路160号）、西院（黄浦区山东中路145号）、南院（闵行区江月路2000号）以及仁济宁波医院（宁波杭州湾新区滨海二路1155号）皆设有独立单元门诊，并常规开展门诊手术和住院手术（主要为日间手术）。

科室常规开展玻璃体视网膜手术、白内障超声乳化手术、全飞秒激光角膜屈光手术、斜视手术、青光眼手术、泪道手术、整形手术、眼眶手术等，开设眼底病、白内障、屈光、角膜病、青光眼、斜弱视、泪道疾病、眼表、眼整形、眼眶病、葡萄膜炎及视神经病等专病门诊。科室拥有全配Constellation超声乳化玻璃体切割一体机、泪道内窥镜诊疗系统、扫频OCT、OCTA、超广角眼底照相机、多波长眼底激光机、SLT激光机、视觉电生理仪等先进的诊疗及手术设备。承担国家自然科学基金、上海市科委基金、上海市卫健委基金等多项课题。近几年，科室连续举办国家继续教育项目学习班以及仁济眼科高峰论坛、上海交通大学医学院眼科视觉科学研究所高峰论坛等学术会议。科室多名医师在全国、上海市等眼科学术组织、学术期刊任职。