仁济医院耳鼻咽喉科成立于1949年，是国家药品临床研究基地(耳鼻咽喉头颈外科专业)、上海市耳鼻咽喉头颈外科住院医师规范化培训基地、上海市耳鼻咽喉头颈外科质控中心委员单位，也是上海交通大学医学院耳鼻咽喉科系副主任单位、上海交通大学耳鼻咽喉科研究所和上海交通大学医学院耳科研究所副所长单位、中国医师协会耳鼻咽喉科分会常委单位、上海医师协会耳鼻咽喉科分会副会长单位、上海医学会耳鼻咽喉头颈外科分会头颈组组长单位、鼻科组组长单位和嗓音组组组长单位。目前与美国约翰霍普金斯医院、美国宾夕法尼亚大学医院、美国天普大学医院、美国俄特冈波特兰大学健康与科学学院、法国巴黎第七大学保持着定期的学术交流。耳鼻咽喉科历任科主任为：毛承樾、何永照、金西铭、赵纪余、王家瑜、周梁、王家东、李吉平。

仁济医院耳鼻咽喉科临床实力雄厚，门急诊量和手术量处于国内综合性医院领先行列。科室1965年起率先在国内开展大鼓室Ш型手术；60年代出版了国内第一本听力学专著《听力学概论》；80年代起开展阻塞性睡眠呼吸暂停综合症的诊治工作；1990年成功施行第一例经听神经瘤切除术；1991年在国内率先开展环状软骨舌骨会厌固定术治疗喉癌，相关成果获得上海市科技进步三等奖；1990年起开展甲状腺及甲状旁腺手术，同时，开展腮腺、颌下腺肿瘤及舌癌的手术治疗；1991年起在国内较早开展功能性鼻内窥镜手术，把微创化、精细化和保留鼻腔功能的理念带入鼻科疾病治疗领域，并不断拓宽鼻眼相关、鼻颅底相关内镜手术。科室开展耳鼻咽喉肿瘤等重症疾病的诊治，开展晚期喉癌、扁桃体癌、鼻腔颅底肿瘤等各类手术。同时在微创手术方面不断规范和优化，形成咽喉肿瘤微创外科、鼻内镜外科、耳内镜中耳外科等诊疗团队。2013年开始，科室率先在国内开展耳鼻咽喉日间和日归手术，在保证医疗质量的同时尽量缩短患者的住院时间，取得良好社会反响。经过几代人的不懈努力，仁济医院耳鼻咽喉科建立了以鼻科疾病及鼻颅底疾病微创外科为特色，耳内镜外科、咽喉内镜外科、睡眠呼吸暂停综合征、过敏性鼻病、眩晕疾病、听力学疾病以及耳鼻咽喉科肿瘤等多个亚专业齐头并进的学科发展平台。学科秉承“一切以病人为中心”的服务理念，在国内较早开始建立耳鼻咽喉科肿瘤多学科团队诊疗模式，极大地提高中晚期肿瘤患者的生活质量和生存率。

科室先后承担国家自然科学基金、上海市科委基金、上海市教委基金、上海市卫健委基金等课题多项，获得卫生部科技进步奖、教育部科技成果奖、上海市科技进步奖、上海医学科技奖等。科室定期举办“耳鼻咽喉科微创手术新理论和进展学习班”、“仁济鼻科论坛”和“鼻内镜技能培训班”等学术活动。近十年每年举办“爱鼻日”“爱耳日”“嗓音日”“睡眠日”等系列科普义诊活动。出版专著10余部，完成卫生部耳鼻咽喉科音像教材一项。